Ce référentiel est utilisé comme base de travail pour les états des lieux des districts et le rapportage réalisé pour la Commission Européenne.

La directive cadre sur l’eau (DCE) du 23 octobre 2000 définit un cadre pour la gestion et la protection des eaux par grand bassin hydrographique au plan européen. Elle fixe des objectifs pour la préservation et la restauration de l’état des eaux superficielles (eaux douces et eaux côtières) et souterraines. L’objectif général est d’atteindre en 2015 le bon état des différents milieux sur tout le territoire européen.

Le premier découpage des masses d'eau pour l'application de la Directive Cadre sur l'Eau en Guyane a été réalisé à l'occasion de l'élaboration de l'état des lieux du district hydrographique en 2006. Il a fait l'objet par la suite de multiples corrections ou redécoupages, pour chacune des catégories de masses d'eau.

Les limites, basées en partie sur des fonds cartographiques, ont dû être réactualisées. En effet, la dynamique hydrosédimentaire du littoral entraîne des modifications importantes. Notamment, les estuaires du Maroni et de la Mana correspondent désormais à deux entités bien distinctes.

De plus, les limites amont initialement définies n'étaient pas représentatives de la limite de l’influence de la salinité.

Les limites des masses de transition ont été reprise en 2013. Elles ont été transposées à partir des objets de la couche d'hydrographie surfacique de la BD Carthage, et complété pour les parties amonts avec l'hydrographie surfacique de la BD Topo 2012 de l'IGN.